A pesar de la aridez de la zona la fauna es abundante. Pumas, Gatos Monteses, Zorros Grises, Marmosas, son los principales carnívoros, que se dejan ver a través de sus huellas en los escasos cuerpos de agua del Parque. La Mara, mal llamada Liebre Patagónica puede ser vista en el camino de acceso. En los bosquecillos hallaremos Pepiteros, Monteritas, y una gran variedad de pequeñas aves. El elenco avifaunístico se completa con el Ñandú, el Halconcito Gris y el majestuoso Cóndor Andino.
El principal problema actual es la afluencia masiva de turistas y visitantes. La gran cantidad de personas que acuden durante los fines de semana largos provocan pisoteo de la vegetación y acumulación de residuos. La falta de cartelería y de senderos bien demarcados permite que el visitante se desplace por cualquier sitio sin control. Los campamentos que también allí se organizan provocan no menos perjuicios al ambiente de la zona. El intenso pisoteo y la extracción de leña exponen al suelo a una mayor erosión. Sobre la zona de Lagunas de Guanacache actúan cazadores furtivos en busca de Ñandúes y Guanacos
